Magijos ministerija – burtininkų valstybinė institucija, kuri tvarko visus magijos pasaulio reikalus: ryšius su Žiobarais, užsienio šalių burtininkais, kasdieninius, sveikatos bei transporto reikalus. Veikia teisės, nelaimingų atsitikimų, magiškų gyvūnų kontrolės, tarptautinio bendradarbiavimo, transporto, magiškų žaidimų bei sporto, ir paslapčių departamentai. Visi jie yra skirtinguose aukštuose, kurių yra 10 ir vadinami lygiais. Magijos ministerija yra įsikūrusi požemyje, kažkur giliai po Londono miestu, tad kuo didesnis aukšto numeris, tuo jis giliau po žeme.

  • 1 lygis – Magijos ministras ir jo patarėjai
  • 2 lygis – Magijos įstatymų priežiūros departamentas:
    • Aurorų štabas
    • Netikrų gynybinių kerų ir apsauginių daiktų susekimo ir konfiskavimo ofisas
    • Magijos teisės vykdymo skyrius
    • Žiobarų daiktų netinkamo naudojimo skyrius
    • Vizengamoto administracija
    • Neleistino magijos vartojimo tarnyba
  • 3 lygis – Magiškųjų nelaimių ir katastrofų departamentas:
    • Netyčinės magijos panaikinimo skyrius
    • Užmaršintojų štabas
    • Žiobariškų pasiteisinimų komitetas
  • 4 lygis – Magiškųjų gyvūnų kontrolės departamentas:
    • Žvėrių, būtybių ir dvasiųskyrius
    • Ryšių su goblinais valdyba
    • Kovos su kenkėjais biuras
  • 5 lygis – Tarptautinio burtininkų bendradarbiavimo departamentas:
    • Tarptautinių magijos standartų komitetas
    • Tarptautinės magijos teisės komitetas
    • Tarptautinės burtininkų sąjungos Britanijos skyrius
  • 6 lygis – Magiškojo transporto departamentas:
    • Kelionmilčių skrydžių tinklo valdyba
    • Šluotų kontrolės valdyba
    • Nešyklių agentūra
    • Keliavimo oru egzaminų centras
  • 7 lygis – Magiškų žaidimų ir sporto departamentas:
    • Anglijos ir Airijos kvidičo lyga
    • Licencijuoti Auksinukų lošimo namai
    • Absurdiškų patentų biuras
  • 8 lygis – vestibiulis:
    • Registratūra
    • Magiškųjų brolių fontanas
    • Apsauga
    • Liftai
  • 9 lygis – Paslapčių departamentas:
    • Laiko salė
    • Pranašysčių menė
    • Mirties kambarys
    • Smegenų kambarys
    • Planetų salė
    • Užrakintas kambarys, kuriame, pasak Dumbldoro, tyrinėjamos širdies galios
  • 10 lygis – Teismo salės (pasiekiamos tik laiptais)

Lankytojai į Magijos ministeriją gali patekti per telefono būdelę, esančią kažkur Londono centre. Lankytojai gauna ženkliuką, patvirtinantį jų apsilankymą Ministerijoje, ant kurio užrašytas lankytojo vardas, pavardė bei apsilankymo tikslas.